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Die frühesten Aufzeichnungen zur japanischen Geschichte finden sich, neben chinesischen Quellen, in zwei halbmythischen Chroniken: der Kojiki (Aufzeichnung alter Geschichten) und den Nihon shoki oder Nihongi (Chroniken zu Japan). Ersteres stammt aus dem Jahr 712, Letzteres aus dem Jahr 720. Diese Chroniken berichten über Ereignisse aus der Zeit zwischen dem 7.Jahrhundert v.Chr. bis zum 7.Jahrhundert n.Chr. Beide Werke sowie andere Legendensammlungen stellen die Grundlage traditioneller Geschichtsüberlieferung in Japan dar. Der Nihon shoki gibt das Jahr 660 v.Chr. als jenes Jahr an, in dem Jimmu, Abkömmling der Shinto-Sonnengöttin Amaterasu und erster Kaiser (siehe Tenno) Japans, den Thron bestieg und damit das japanische Kaiserreich gründete. Fortan konnten sich alle Kaiser als direkte Nachfahren der Sonnengöttin betrachten und besaßen damit ein göttliches Mandat.

Erste Besiedlung
Wann die erste Besiedlung Japans stattfand, ist unklar. Vermutlich trafen die ersten aus dem ostasiatisch-sibirischen Kernland stammenden Siedler auf dem japanischen Archipel bereits im Paläolithikum um 30000 v.Chr. ein. Linguistische Untersuchungen legen andererseits aber auch die Vermutung nahe, dass eine Kolonisierung von den polynesischen Inseln ausgegangen sein könnte. Man geht heute davon aus, dass die Ur-Japaner, die dem mongoliden Rassenkreis angehören, seit frühester Zeit auf den Inseln dominierten, auch wenn die Ainu vielleicht ebenfalls schon sehr früh den Archipel besiedelt haben. Zeitweise ging man davon aus, dass die Ainu die ersten Besiedler der japanischen Inseln gewesen waren, doch gilt diese Theorie inzwischen als widerlegt.

Die Jomon-Periode (10000 v. Chr. bis 300 v. Chr.)
Die paläolitischen Kulturen des prähistorischen Japan und ihre Nachfolger im Mesolithikum wurden um 10000 v.Chr. von neolithischen Kulturen abgelöst. Zu diesen zählten die Jomon, von denen einige der frühesten Tonwaren stammen. Ihre häufig üppig verzierten und meist handgedrehten Tontöpfe wurden bei niedrigen Temperaturen gebrannt. Man fand diese Tonreste in ganz Japan; seltener wurden auch feine Steingebäude oder Hütten aus dieser Zeit ausgegraben. Die Jomon lebten als Wildbeuter vor allem von der Jagd, dem Fischfang und dem Sammeln, eventuell gab es bereits auch eine frühe Form der Landwirtschaft. Ihre Gesellschaftsstruktur scheint egalitär gewesen zu sein, mit einigen nur geringen Statusunterschieden.

Die Yayoi-Periode (300 v. Chr. bis 300 n. Chr.)
Die Jomon mussten einer neuen Kultur weichen, die auf Kyushu entstand, sich langsam nach Osten ausbreitete und allmählich ihre Vorgänger ersetzte. Die Kultur der Yayoi hinterließ deutlichere Spuren; es gab bereits Reisanpflanzungen, Webereien, einfache Tonwaren, die bei hohen Temperaturen gebrannt wurden, und Eisenwerkzeuge. Die meisten Erfindungen der Yayoi, insbesondere die Eisen- und Bronzestücke, wurden vermutlich aus China über Korea eingeführt, was erstmals auf einen chinesischen Einfluss hinweist. Auch die unterschiedlichen und verfeinerten Riten bei den Beerdigungen sind ein Hinweis darauf, dass die Gesellschaft der Yayoi bereits komplexer zusammengesetzt und effizienter organisiert war als die der Jomon, was typisch für die eher landwirtschaftlich orientierten Kulturen ist. Durch die Einwanderung der Yayoi wurde das kulturelle Leben in weiten Teilen des Landes maßgeblich bereichert.
In offiziellen chinesischen Chroniken wird Japan erstmals während der späten Han-Dynastie erwähnt. Damals wurde aufgezeichnet, dass im Jahr 57 n.Chr. „der Staat der Nu in Wo" Gesandte zum kaiserlichen Hof geschickt habe und ein Goldsiegel erhielt, das später (1748) in Japan gefunden wurde. Nu war offensichtlich eines von den Dutzenden kleiner Reiche auf dem japanischen Archipel, die in den chinesischen Chroniken in ihrer Gesamtheit als Wo bezeichnet wurden. Die Aufzeichnungen beschreiben eine relativ hoch entwickelte Gesellschaft mit hierarchischer Struktur, Märkte für den Tauschhandel und professionelle Schreiber, die der chinesischen Schrift mächtig waren. Es wird auch eine Königin namens Himiko erwähnt, die ebenfalls in die japanischen Chroniken Eingang gefunden hat. Sie übte ihre Herrschaft in einer Stadt namens Yamatai aus und regierte im Jahr 200 über zahlreiche Staaten. Dies legt die Vermutung nahe, dass die Yayoi in Japan eine matriarchalische Gesellschaft darstellten, in der priesterliche Königinnen beträchtliche Macht innehatten.
Die Konfun-Periode (um 300 bis 710): Einigung zum Kaiserreich
Die Konfun-Periode ist nach dem großen konfun (japanisch für Grabhügel) benannt, der die Gräber der damaligen japanischen Herrscher und Adeligen markierte und die Vereinigung der Teilstaaten zu einem einzigen Kaiserreich versinnbildlichte. Nach den Überlieferungen führte Kaiser Jimmu, nachdem er seine Herrschaft in Kyushu gefestigt hatte, seine Streitkräfte nach Norden und dehnte sein Herrschaftsgebiet bis nach Yamato aus, einer Provinz im Zentrum von Honshu, die dem Kaiserhaus und wahrscheinlich auch ganz Japan damals seinen Namen verlieh. Historische und archäologische Forschungsergebnisse widersprechen jedoch den Zeitangaben in den traditionellen Darstellungen für die Einzelereignisse dieser Periode.

Die kaiserliche Yamato-Familie
Die Herrscher der kaiserlichen Yamato-Familie festigten ihre Macht, indem sie eine frühe Form des Shintoismus zur allgemeinen Religion erhoben und diese als politisches Instrument verwendeten. Während der späten Yayoi- und der frühen Konfun-Periode übten die Yamato-Herrscher über verschiedene autonome Clans indirekt die Kontrolle aus, die unter der Bezeichnung Uji bekannt sind. Jeder Uji hatte eigene Götter und einen eigenen Herrschaftsbereich. Die wichtigsten Personen eines solchen Clans waren der Muraji, ein Vasall des Yamato-Hofes, und der Omi, der während der Machteroberung der Yamato die Lehnstreue des Stammes erklärte hatte. Die Regierungsbeamten aller Uji wurden aus beiden Gruppen gestellt. Die großen Gräber der Clanoberhäupter waren oft mit Tonfiguren verziert, die Soldaten, Menschen oder andere Objekte darstellten und den Namen Haniwa trugen. Die Rolle der kaiserlichen Familie, die als oberster Clan galt, war eher symbolischer Natur, obwohl der Hauptgottheit, der Sonnengöttin, landesweit geopfert wurde.
Nach dem Tod ihres Mannes, des Kaisers Chuai - er regierte von 192 bis 200 - übernahm die Kaiserin Jingu, eine legendäre Herrscherin, die später als Göttin angesehen wurde, um das Jahr 200 die Regierung. Die kriegerische Kaiserin soll eine Armee ausgerüstet und einen Teil des heutigen Korea erobert haben. Obwohl sich die Existenz von Jingu historisch kaum nachweisen lässt, deuten einige Inschriften aus dem frühen 5.Jahrhundert tatsächlich auf eine große Expedition hin, die von Wo aus im Jahr 391 durchgeführt wurde. Bis zu dieser Zeit hatte der Yamato-Hof vermutlich eine ausreichende nationale Einheit erreicht und konnte eine Militärexpedition unterstützen, um den japanischen Einflussbereich in Minami auf der koreanischen Halbinsel zu sichern. Das Königreich Paekche im Südwesten Koreas war ein untergeordneter Verbündeter des Yamato-Hofes. Die koreanische Kultur hatte sich unter starkem Einfluss des angrenzenden China bereits zu einem vergleichsweise hohen Niveau entwickelt; während der folgenden Jahrhunderte beeinflusste die Beziehung zwischen Japan und Korea und damit indirekt auch die chinesische Kultur die kulturelle Entwicklung Japans beträchtlich. Chinesische Literatur und Philosophie wurde am Hof von Yamato bereitwillig aufgenommen. Anfang des 5.Jahrhunderts verwendete man hier bereits die chinesischen Schriftzeichen. Um 430 stellte der kaiserliche Hof die ersten Geschichtsschreiber an, und ab diesem Zeitpunkt entstanden verlässlichere Aufzeichnungen.
Bis zum 6.Jahrhundert verlor der Yamato-Hof zunehmend an Einfluss; er konnte seine Macht über die Uji immer weniger ausüben und sah sich auf dem koreanischen Festland einer Niederlage gegenüber. Der regierende Kaiser war 587 vom mächtigen Soga-Clan ermordet worden. Noch zu Lebzeiten des Yamato-Kaisers fand mit der Übernahme des Buddhismus ein äußerst wichtiges Ereignis statt. Diese wird allgemein auf das Jahr 552 datiert, als der König von Paekche buddhistische Priester nach Japan sandte und damit religiöse Bilder, buddhistische Schriften, der Mondkalender und die Methoden der Zeitrechnung im Land Einzug hielten. Die importierte Kultur verwurzelte sich bald fest auf dem Archipel, und während sich die Kontakte zwischen den beiden Ländern nach der japanischen Vertreibung aus Korea im Jahr 562 abschwächten, hatte dies keinen Einfluss auf die religiöse Entwicklung in Japan. Bis zum Beginn des 7.Jahrhunderts wurde der Buddhismus zur japanischen Staatsreligion.

Die Asuka-Periode (593-710)
Die so genannte Asuka-Periode nahm mit der Thronbesteigung von Kaiserin Suiko ihren Anfang; sie regierte von 593 bis 628 und errichtete ihren Palast im Asuka-Tal in der Provinz Yamato (der heutigen Präfektur Nara). Ihr Neffe und Regent, Prinz Shotoku, initiierte ein Reformprogramm, das aufgrund des Verlusts von Minami (der japanischen Gebiete in Korea) und wegen innenpolitischer Unruhen notwendig geworden war. 604 entwarf er die erste japanische Verfassung, die aus 17Artikeln bestand und ein einfaches Regelwerk enthielt, das das soziale und sittliche Leben der Bevölkerung bestimmte. Diese Entwicklung folgte dem Muster der Zentralregierung in China. Das Land wurde einheitlich aufgeteilt in Provinzen, Distrikte und dörfliche Einheiten, die wiederum in Gruppen aus jeweils fünf Bauernfamilien als den kleinsten Einheiten des Staates unterteilt waren. Die ursprünglichen zwölf und späteren acht hierarchischen Ebenen des höfischen Adels wurden eingerichtet. Die Versuche Shotokus, den Buddhismus im ganzen Land zu verbreiten, halfen auch bei der Verbreitung der kontinentalen Zivilisation in Japan.
Die Reformen Shotokus wurden von Prinz Naka no Oe, dem späteren Kaiser Tenji, sowie von Nakatomi Kamatari (der spätere Fujiwara no Kamatari) fortgeführt, dem Begründer der Fujiwara. Dieser war maßgeblich an dem Staatsstreich von 645 beteiligt, in dem die herrschenden Soga entmachtet und die so genannten Taika-Reformen eingeführt wurden, die eine Stärkung des Kaiserhauses und die Schwächung der Uji zum Ziel hatten. Die Ländereien der Adelsfamilien wurden zum staatlichen Eigentum erklärt, das an das Volk verteilt werden konnte. Ein großer Rat, der so genannte Dajokan, regierte das Kaiserreich mit Hilfe lokaler Gouverneure, die von der Hauptstadt ausgesandt wurden - auch hierbei lehnte man sich an das chinesische Modell an. Die Niederlage Japans im Jahr 663 bei seinem letzten Versuch, in Korea Fuß zu fassen, beendete diese Expansionsbestrebungen für mehrere Jahrhunderte und forderten von Kaiser Tenji weitere Reformen zur Zentralisierung. Er hatte seine neuen Maßnahmen im so genannten ritsu-ryo-System formuliert, welches sich in die ritsu (Gesetze zur Verbrechensbekämpfung) und die ryo (Gesetze für das zivile Leben und die Verwaltung) unterteilte. Dadurch entstand eine ausgearbeitete staatliche Struktur im ganzen Land, wodurch die Bedeutung der lokalen Adelsfamilien immer geringer wurde.

Die Nara-Periode (710-794)
Traditionell wurden die kaiserlichen Hauptstädte in Japan verlegt, sobald ein Herrscher gestorben war, um die im Shintoismus mit dem Tod verbundene Verunreinigung zu vermeiden. Kaiserin Gemmei, die von 707 bis 715 herrschte, verlegte die Hauptstadt von Asuka nach Heian-kyo (heute Nara), das damit zur ersten ständigen japanischen Hauptstadt wurde. Später in der Nara-Periode verfiel die Sitte der Verlegung allmählich. Unter Kaiser Shomu - er regierte von 724 bis 749 - und seiner Fujiwara-Gattin erlebte Japan eine kulturelle Blütezeit. Der Große Buddha (752 fertig gestellt) wurde in dem Tempel Todaiji untergebracht, der auch heute noch als größtes Holzgebäude der Welt gilt, und symbolisierte die Verpflichtung des Japans der Nara-Zeit an den Buddhismus. Man nahm Verbindungen zur weit entfernten Tang-Dynastie in China auf und Japan wurde zur östlichen Endstation der Seidenstraße. In einer weit reichenden Reform wurde das ritsu-ryo-System im Jahr 743 geändert, um die Erschließung neuen Ackerlandes voranzutreiben, indem man den jeweiligen Personen, die das Land landwirtschaftlich bebauten, das volle Besitzrecht über das bewirtschaftete Gebiet zusprach. Mit dieser Einführung privaten Landbesitzes öffneten sich für die großen Familien und Geschlechter die Möglichkeiten, ihre Unabhängigkeit zu festigen und Macht und Reichtum zu mehren, und das ritsu-ryo-System wurde von der Realität immer mehr zurückgedrängt.
Während der Nara-Periode wurden einige der wichtigsten Literaturwerke der Frühzeit geschaffen, darunter die beiden großen nationalen Geschichtschroniken Kojiki (712) und Nihon-shoki (720) sowie die erste große Gedichtsammlung Manyoshu (daneben entwickelte sich auch die buddhistische Kunst maßgeblich weiter). Kaiser Shomu, ein frommer Buddhist, bemühte sich um die Vereinigung von Staat und Kirche und stellte seinen Nachfolger damit vor Probleme. Das ritsu-ryo-System der Taika-Reformen galt zwar nach wie vor, aber Macht und Einfluss der buddhistischen Mönche, ausgehend von den großen Klöstern, wurden immer größer. 784 entschloss sich Kaiser Kammu - er regierte von 781 bis 806 - schließlich, den Einfluss der mächtigen Klöster in Nara zu verringern, indem er die kaiserliche Hauptstadt zunächst nach Nagaoka-kyo und neun Jahre später an den Ort Uda verlegte; dort ließ er die Hauptstadt Heian-kyo, das spätere Kyoto, errichten, das bis 1868 offizielle Hauptstadt blieb.

Die Heian-Periode (794-1185)
Die Heian-Periode, nach ihrer Hauptstadt benannt, brachte Japan 350Jahre lang relativen Frieden und Wachstum. Bis zum 9.Jahrhundert war es dem Yamato-Hof gelungen, die Kontrolle über alle Hauptinseln Japans mit Ausnahme von Hokkaido zu erhalten. Im nördlichen Honshu kam es dennoch immer wieder zu Befriedungsunternehmungen, um die dortige Bevölkerung zu integrieren. Während des 9.Jahrhunderts zogen sich die Kaiser immer mehr aus den aktuellen Regierungsgeschäften zurück. Sie delegierten alle staatlichen Angelegenheiten an Untergebene und begaben sich in die Abgeschiedenheit. Die Kaiser hatten mit der Zeit nur noch eine eher symbolische Funktion inne, statt dass sie tatsächlich regierten. Zum Teil fand diese Entwicklung auch aufgrund der belastenden rituellen Pflichten statt, die der Kaiser als Oberhaupt des shintoistischen Staatskultes durchzuführen hatte. Gleichzeitig mit dem Rückzug der Kaiser vollzog sich der Aufstieg der Fujiwara, der damals bedeutendsten Adelsfamilie am Hof, die diese Entwicklung förderte und versuchte, die Regierungsmacht an sich zu binden. 858 wurden die Fujiwara zu den eigentlichen Herrschern Japans und blieben es während der nächsten drei Jahrzehnte. In diesem Jahr wurde der Fujiwara-Prinz Yoshifusa als Vormund für seinen einjährigen Enkel zum Regenten sessho ernannt. Die Fujiwara hatten in den meisten Büros des Hofes und der Verwaltung eine Vormachtstellung, drängten die anderen Adelsfamilien aus der Regierung und kontrollierten sogar die kaiserliche Familie, indem sie ihre eigenen Töchter Generation um Generation mit den Kaisern vermählten. Die Kaiser wiederum wurden meist zu einem frühen Rückzug zugunsten von neuen Kindkaisern überredet, für die dann wiederum Fujiwara-Regenten die Vormundschaft übernahmen. 884 wurde der Fujiwara Mototsune erster offizieller bürgerlicher Herrscher (kampaku). Der bedeutendste Herrscher der Fujiwara war Fujiwara no Michinaga, der sämtliche Regierungsgeschäfte von seiner Hauskanzlei aus leitete und dessen fünf Töchter jeweils aufeinander folgende Kaiser ehelichten; er dominierte den kaiserlichen Hof von 995 bis zu seinem Tod im Jahr 1028.

Vorherrschaft der Fujiwara („Fujiwarazeit")
Die Periode der Überlegenheit der Fujiwara war eine Zeit kultureller Blüte; die japanische Kultur entwickelte sich zunehmend zu einer Zivilisation, die zwar von der chinesischen Kultur stark beeinflusst, aber nicht mehr von ihr dominiert wurde. Die Kokinshu (eine Anthologie mit 1111Gedichten), die erste offizielle Poesie-Sammlung aus der Kaiserzeit, wurde 905 zusammengestellt; ihr folgten bis 914 weitere 20Anthologien. Die Herrschaft von Michinaga wird als die Periode der klassischen japanischen Literatur bezeichnet. Michinaga war ein enger Vertrauter der beiden Hofdamen Murasaki Shikibu und Sei Shonagon, den beiden großen Schriftstellerinnen dieses Zeitalters. Erstere schrieb im Jahr 1010 das Genji-monogatari (Geschichten des Prinzen Genji), das als Höhepunkt der Prosa-Literatur der Heian-Zeit gilt, letztere veröffentlichte um das Jahr 1000 ihr berühmtes Makura-no-soshi (Kopfkissenbuch), in dem sie den Hofstaat der damaligen Zeit kritisch beleuchtete.
Die großen Schulen des Mahayana-Buddhismus, Tendai und Shingon-shu, kamen in dieser Zeit zu großem Vermögen und erheblicher Macht, und entsprechend vielfältig war ihre Schutzherrschaft über die Kunst in dieser Periode. Der Charakter der Regierung änderte sich mit dem Aufstieg der Fujiwara ebenfalls. Die Zentralverwaltung diente den Fujiwara mehr und mehr als Deckmantel; das Land war zu dieser Zeit in große, erbliche Güter eingeteilt, die den Adeligen als steuerfreie Zuwendungen für deren offizielle Ämter überlassen wurden oder die an die großen buddhistischen Klöster angeschlossen waren. Die meisten Bauern zogen es vor, ihre Ländereien an diese Güter anzuschließen, um so der schweren Steuerlast zu entrinnen, die für die Bewirtschaftung öffentlichen Landes zu entrichten war. Auf diese Weise breiteten sich die großen privaten Besitztümer im ganzen Land aus, und die durch die Taika-Reformen geschaffene Ordnung wich zunehmend einem System feudalistischer Land- und Machtaufteilung.

Aufkommen der Samurai
Die Hegemonie der Fujiwara zerfiel nach dem Tod von Michinaga im Jahr 1028, und die Macht verteilte sich nun in zwei Richtungen. Mitte des 11.Jahrhunderts (im Jahr 1068) verloren die Fujiwara ihr „Monopol" bei der Stellung der kaiserlichen Bräute, und die abgekapselten Kaiser bildeten den Kern eines neuen Systems „klösterlicher Regierung". Hierbei übernahmen die abgedankten Kaiser, die das buddhistische Gelöbnis abgelegt hatten, im Auftrag der regierenden Kaiser die Verwaltung. In der Zwischenzeit hatten sich in den häufig gesetzlosen Provinzen lokale Kampfgruppen zusammengeschlossen, die als Anhänger und Beschützer des feudalen Adels und der Vasallen auftraten. Diese ersten Samurai verwalteten und beschützten die Güter ihrer aristokratischen Besitzer und standen in deren Dienst. Die Führer dieses Kriegerstandes waren häufig Mitglieder der Adelsfamilien Taira und Minamoto, die beide von kaiserlichen Prinzen gegründet worden waren, oder aber sie gehörten ähnlichen aristokratischen Gruppen an, die neuerdings außerhalb von Kyoto zu Reichtum und Ansehen gelangt waren. Die Krieger der Taira beherrschten den Südwesten, während die der Minamoto vorwiegend im Osten agierten. Im 12.Jahrhundert dehnten diese beiden großen militärischen Adelsfamilien ihren Machtbereich bis an den kaiserlichen Hof aus und kämpften um die Vorherrschaft in ganz Japan.
1156 brach ein Bürgerkrieg zwischen den zurückgezogenen und den regierenden Kaisern einerseits und den jeweils zugehörigen Linien der Fujiwara-Familie andererseits aus; damit erhielten die ritterlichen Adelsfamilien die Chance, ihren Vormachtanspruch durchzusetzen. Nach einem zweiten Bürgerkrieg in den Jahren 1159/60 besiegten die Taira die Minamoto und erlangten von den Fujiwara die Kontrolle über Japan. Der Führer der Taira, Taira no Kiyomori, wurde 1167 zum ersten Minister ernannt und lehnte seine Politik an die der Fujiwara an. Er besetzte die Ämter bei Hof mit Familienangehörigen und verheiratete seine Tochter mit einem kaiserlichen Prinzen. Ihr Sohn Antoku wurde im Jahr 1180 Kaiser. Im selben Jahr richtete ein Reichsfeldherr der Minamoto, Minamoto no Yoritomo, sein Hauptquartier bei Kamakura im Osten Japans ein und begann von dort aus zusammen mit seinem Bruder Yoshitsune einen Aufstand, der letztlich die Taira aus der Hauptstadt vertrieb. Dieser weitere Bürgerkrieg, Gempei-Krieg genannt, dauerte fünf Jahre und endete 1185 mit der Seeschlacht von Dannoura, in der Nähe des heutigen Shimonoseki in der Inlandsee, bei der die Taira vernichtend geschlagen wurden und auch Kaiser Antoku ertrank. Yoritomo wurde nun zum Herrscher über Japan und beendete damit die Ära kaiserlicher Verwaltung und zugleich die Heian-Periode. Er errichtete eine Militärherrschaft, die Japan während der folgenden sieben Jahrhunderte regieren sollte.

Die Kamakura-Periode (1192-1333): Erstes Schogunat
Yoritomo unterstrich den kompletten Bruch zwischen ziviler und militärischer Regierungsform, indem er weiter in Kamakura residierte und sein militärisches Hauptquartier, das bakufu (ursprünglich japanisch für „Zeltregierung", später gleichbedeutend mit Schogunat), als Mittelpunkt seiner neuen Verwaltung benutzte und weiter ausbaute. Von dieser Zeit an entwickelte sich der japanische Feudalismus ständig weiter und erreichte schließlich einen Einfluss, den er während der Kaiserzeit nie erhalten hatte. Yorimoto berief für die Verwaltung der Provinzen Militärgouverneure und Vögte seines Vertrauens, die das Land parallel zu den offiziellen Gouverneuren und Eigentümern verwalteten. 1192 wurde er in das erbliche Amt des Seiitaischogun (eine Art oberster Feldherr) berufen, auch kurz Schogun genannt. Damit hatte er die Macht, jederzeit gegen die Feinde des Kaisers vorzugehen. Durch sein militärisches Netzwerk war Yorimoto bereits der eigentliche Herrscher Japans, doch der Titel eines Schoguns verlieh ihm auch offiziell die Führerschaft; der Kaiser und sein Hofstaat waren gegenüber dem Schogun größenteils machtlos. Kamakura wurde zum tatsächlichen Herrschersitz, während Kyoto formal den Hof ohne Macht repräsentierte.
1219 gelangte die Hojo-Familie durch verschiedene Verschwörungen und einige Morde an den Erben der Minamoto und ihrer Getreuen an die Macht. Ein Hojo wurde jedoch niemals Schogun; stattdessen übte die Familie bei der Ernennung der Schogune großen Einfluss auf den Kaiser aus. Teilweise wurden kleine Kinder zum Schogun ernannt, damit ein Hojo-Führer als shikken oder Regent die Regierungsgeschäfte und damit die eigentliche Macht im Land übernehmen konnte.
Trotz des kriegerischen Endes der langen Heian-Periode blühte Japan auch in der Kamakura-Ära im kulturellen Bereich auf. Der tragische Niedergang der Taira wurde in einem Kriegsepos, dem Heike monogatari (Erzählungen des Taira-Clans, 1220), verewigt. Die klassische dichterische Tradition erfuhr mit der Fertigstellung der Shinkokinshu (Neue Anthologie alter und moderner Gedichte) im Jahr 1205 durch Fujiwara no Sadaie, genannt Taika, unter Kaiser Go-Toba sogar ihren Höhepunkt. Auch neue Formen des Buddhismus, insbesondere die Schulrichtungen Reines Land und Zen, breiteten sich über das Land aus und genossen eine Beliebtheit, die den alten Schulen nie zuteil geworden war. Der Zen-Buddhismus und das klare Denken und Handeln der Militärherrscher inspirierten wiederum die Kunst, etwa den kraftvollen Bildhauer Unkei und seine Nachfolger.

Mongolische Bedrohung und kaiserliche Restauration
Die Hojo behielten ihre Herrschaft mehr als 100Jahre. Ihre Statthalter und Verwalter in den Provinzen gewannen Macht über private Ländereien und deren Eigentümer. Sie verbanden sich mit ihnen und bildeten neue Ritterstände, die Daimyos, die die Autorität des Schogun untergruben. 1274 und erneut 1281 versuchte das Mongolische Reich unter Kublai Khan, das damals bereits die Kontrolle über China und Korea hatte, auch Japan einzunehmen und landete in Kyushu; die Mongolen waren jedoch beide Male erfolglos. Die Invasionen forderten höchsten Einsatz der Hojo, der u.a. dazu führte, dass sie die Daimyos für ihre Unterstützung bei den Kämpfen nicht mehr entlohnen konnten. Misswirtschaft und Streitigkeiten unter den Hojo ermöglichten es Kaiser Godaigo zusammen mit abtrünnigen Daimyos, insbesondere mit Ashikaga Takauji, dem Oberhaupt der Ashikaga, eine Rebellion gegen die Hojo durchzuführen. Die Revolte, auch Kemmu-Restauration genannt, gipfelte 1333 in der Eroberung von Kyoto und Kamakura. Dies bedeutete zugleich das Ende des Kamakura-Schogunats und den Untergang der Hojo, deren Führer Selbstmord begingen.

Das Muromachi-Schogunat (1338-1573)
Von 1333 bis 1336 versuchte Godaigo, die kaiserliche Verwaltung wieder aufzubauen. Er konnte sich mit seinen nicht mehr zeitgemäßen Ideen gegen Ashikaga Takauji nicht durchsetzen, der revoltierte, indem er Godaigo aus Kyoto verbannte und seinen eigenen Kandidaten zum Gegenkaiser („Nordkaiser") ernannte. Godaigo (als „Südkaiser") und seine Anhänger flohen nach Yoshino, einer Region südlich von Nara auf Honshu, und errichteten dort einen rivalisierenden Hof, den so genannten „Südlichen Hof". 1338 wurde Takauji zum Schogun und errichtete in Kyoto sein eigenes Bakufu. Der Bezirk Muromachi in Kyoto, der zum Sitz des Schoguns Ashikaga wurde, verlieh der ganzen Periode der Ashikaga-Herrschaft seinen Namen. Der Erbfolgekrieg zwischen Godaigo und seinen Nachfolgern und den von Ashikaga kontrollierten Gegenkaisern zog sich insgesamt über 56Jahre hin. Am Ende, im Jahr 1392, kam es schließlich zur Abdankung des ins Abseits gedrängten, rechtmäßigen Kaisers in Yoshino und zu dessen Verzicht auf die geheiligten kaiserlichen Insignien, die dem nunmehr sechsten Nordkaiser Gokomatsu übergeben wurden; die Ashikaga-Kaiser waren damit legitime Herrscher Japans.
Die Ashikaga-Schogune waren jedoch nie in der Lage, absolute Kontrolle über die mächtigen Daimyos auszuüben. Der dritte Ashikaga-Schogun, Yoshimitsu, galt sowohl als kraftvoller politischer Führer wie auch als Förderer des No-Dramas von Zeami. Seine Nachfolger waren große Kunstmäzene und hatten ein eher geringes Interesse an den Staatsgeschäften. Im Allgemeinen lässt sich die Periode des Aufstiegs der Ashikaga daher als Zeit der Verfeinerung der Sitten sowie eine Periode großer künstlerischer und literarischer Werke bezeichnen. In dieser Phase erhielt auch der Buddhismus als politische Kraft großen Aufschwung. Während einiger Jahrhunderte waren die buddhistischen Klöster so wohlhabend und einflussreich, dass sie eine bedeutende Macht im Lande darstellten. Buddhistische Mönche und Laienbrüder standen gelegentlich sogar in Rüstung und trugen Waffen, weshalb sie am Ausgang einiger Schlachten maßgeblich beteiligt waren. Der Einfluss der Ashikaga auf das politische Geschehen sank mit der Zeit drastisch, was in innerfamiliären Streitigkeiten, der verschlechterten Beziehung zum Kaiserhof und der mangelnden Kontrolle der immer selbständiger werdenden Daimyos begründet war.

Der Onin-Krieg und die Zeit der kämpfenden Länder
Die zunehmende Macht der Daimyos und die Inkompetenz der Ashikaga führten zum Ausbruch des Onin-Krieges (1467-1477). Dabei kämpften die Daimyo-Familien Hosokawa und Yamana auf verschiedenen Seiten um die Nachfolge der Ashikaga. Nach dem Krieg war kein eindeutiger Sieger zu ermitteln, aber Kyoto war zerstört, die Autorität der Ashikaga untergraben und die Macht der Daimyos beträchtlich geschwächt. Die Ashikaga-Schogune wurden zu Schachfiguren in einer neuen Ära erbitterter Machtkämpfe, die in Anlehung an eine ähnliche Zeit in der chinesischen Geschichte die Bezeichnung „Zeit der kämpfenden Länder" (sengoku jidai) erhielt. Die alten Daimyo-Familien wurden abgelöst und durch ihre Bezwinger ersetzt. Doch die konsequente Ausbreitung höfischer Kultur wirkte sich auf die Provinzen positiv aus. Es entstanden Handelsstädte, Burgen und Häfen. Durch die Befreiung von den Einmischungen des Schoguns waren die neuen Daimyos oft bessere Herrscher als ihre Vorgänger. Die Kultur dieser Ära wird durch die herausragenden Tuschemalereien Sesshus und die Renga-Kettengedichte von SOgi gekennzeichnet.
Allmählich wurden in der Folgezeit auch äußere Einflüsse auf die Kultur Japans wirksam, die mit der Landung portugiesischer Händler als den ersten Europäern in Japan (auf einer Insel vor Kyushu) im Jahr 1542 ihren Anfang nahmen. Ihre Feuerwaffen (Musketen) wurden von den einheimischen Handwerkern nachgebaut und die japanische Kriegsführung erfuhr - jedoch zeitlich verzögert - einen deutlichen Wandel. Auch die Religion wurde beeinflusst, nachdem Franz Xaver, ein jesuitischer Missionar, 1549 das Christentum nach Japan brachte.

Die Azuchi-Momoyama-Periode (1573-1603)
Das chaotische Japan in der Zeit der kämpfenden Länder wurde im 16.Jahrhundert durch die Azuchi-Momoyama-Periode wieder vereinigt. Diese kurze Zeitspanne intensiver Veränderungen ist benannt nach den beeindruckenden (aber bald zerstörten) Burgen ihrer beiden wichtigsten Personen, Oda Nobunaga und Toyotomi Hideyoshi; nach diesen bezeichnet man die Zeitspanne auch als Nobunaga/Toyotomi-Interregnum. Der Ruhm Nobunagas und Toyotomis, dargestellt in den prachtvollen Gemälden von Kano Eitoku, gilt stellvertretend für die schillernde Kraft dieser Periode. Oda, ein von den Taira abstammender General, leitete diese Zeit mit verschiedenen Siegen über die Daimyos ein, die in einem Marsch auf Kyoto gipfelten (1568). Hierauf ernannte er seinen Günstling zum Nachfolger für das Ashikaga-Schogunat. Als dieser Schogun sich als ungehorsam erwies, verbannte Oda ihn im Jahr 1573 aus Kyoto. Oda brach die Macht der Klöster in den Jahren zwischen 1570 und 1580 und nahm dem Buddhismus seinen politischen Einfluss. Er kombinierte eine weise Verwaltung der untergeordneten Ländereien mit einer scharfen Verfolgung von Oppositionellen. Als Oda von einem Vasallen 1582 ermordet wurde, übernahm Toyotomi Hideyoshi die Macht, der sich unter Oda vom einfachen Bauern zu einem Militärkommandeur emporgearbeitet hatte. Bis 1590 hatte er Japan unter seiner Herrschaft vereint.
Der letzte Ashikaga-Schogun dankte 1588 ab, aber Hideyoshi war bereits zuvor faktischer Herrscher. Er sicherte seine Herrschaft durch eine streng systematische Verwaltung ab. Das Land wurde vermessen und die Besteuerung auf der Basis des Reisertrags bemessen. Die Bauern wurden in die Dörfer verwiesen und entwaffnet. Da er überzeugt war, dass das Christentum sein Regime bedrohte, begann er mit der Verfolgung japanischer Christen. Es gelang ihm jedoch nicht, eine komplette Kontrolle über die nach wie vor mächtigen Daimyos zu erhalten. Des Weiteren führte sein offensichtlicher Größenwahn zu sinnlosen und zerstörerischen Invasionen in Korea (1592 und 1597) und zum erzwungenen Selbstmord seines bekannten Teemeisters Sen no Rikyu. Hideyoshi erkrankte und starb 1598; seine Vasallen brachen den Treueschwur zu seinem minderjährigen Sohn schon bald darauf und kämpften um die Nachfolge. Schließlich besiegte 1600 Tokugawa Ieyasu seine Rivalen in der Schlacht von Sekigahara, an der alle übrigen Daimyos teilgenommen hatten. Er wurde damit zum unumstrittenen Herrscher über das ganze Land und beendete das Interregnum.

Tokugawa-Schogunat und Edo-Zeit (1603-1868)
Ieyasu hatte sich im Jahr 1603 selbst zum Schogun ernannt und wies dem Erben Hideyoshis einen niedrigen Posten in der Provinz zu. Er errichtete sein Bakufu (Schogunat) bei Edo (heute Tokyo), der neuen Hauptstadt. In kürzester Zeit wurde Ieyasu der mächtigste Mann in Japan und entwickelte sowohl den kulturellen und ökonomischen Bereich als auch den politischen Sektor weiter. Ieyasu zog sich im Jahr 1605 offiziell als Schogun zurück, um sich ganz auf den Ausbau der Herrschaft der Tokugawa-Dynastie zu konzentrieren. 1614 begann er mit einer Kampagne gegen die Familie Toyotomi, die auf der Burg von Osaka residierte; bereits kurze Zeit später hatte er die Burg erobert und damit die letzte noch vorhandene Opposition zum Tokugawa-Schogunat vernichtet. 1615 erließ Ieyasu verschiedene neue Regelungen und Gesetze, die die bereits von Hideyoshi geplante Feudalorganisation dem Ende zuführte und Japan einen 250Jahre lang anhaltenden Frieden bescherte und die kulturelle Blüte der Edo-Zeit ermöglichte. Ieyasu starb zwar bereits im Jahr 1616, doch wurde seine Politik durch andere Tokugawa-Schogune fortgeführt.
Die wohl wichtigste Regelung Ieyasus war das so genannte bakuhan-System, durch das die Lehen der Daimyos (han) und die Daimyos selbst sowie der Kaiser und sein Hofstaat einer strengen Kontrolle durch den Schogun unterstellt wurden. Die Daimyos blieben zwar oberste Herrscher über ihre Lehen, mussten dem Tokugawa aber die Treue schwören. Darüber hinaus waren sie verpflichtet, sich jedes zweite Jahr am Regierungssitz des Schogun - also in Edo - persönlich aufzuhalten, sowie im jeweils anderen Jahr an ihren Lehnssitz zu ziehen, ihre Familien jedoch als eine Art „Geiseln" in Edo zu lassen. Dies band die Daimyos sehr eng an den Schogun und erstickte jeden aufkommenden Aufruhr im Keim.
Die Landkonfiszierungen nach der Schlacht von Sekigahara hatten die Tokugawa zur reichsten Familie unter den Daimyos gemacht. Sie besaßen nun knapp ein Viertel der Landfläche Japans, entweder unmittelbar oder oder über eng vertraute Vasallen. Die Daimyos wurden entsprechend ihrem Verwandtschaftsgrad mit dem Tokugawa oder aufgrund ihrer Taten bei Sekigahara eingeschätzt und diejenigen, die man am ehesten eines Aufruhrs gegen den Schogun verdächtigte, etwa die Lehnsherren der im Westen gelegenen Gebiete Satsuma und Choshu, unterstanden der Kontrolle durch andere, strategisch günstig platzierte, sehr loyale Lehnsherren.
Die Macht des Schoguns wurde weiter ausgedehnt; er konnte nun den nachfolgenden Daimyo auf seinem Lehen selbst bestimmen oder diesen nach Wunsch entlassen.
Die Gesellschaft unterteilte sich damals streng in vier soziale Klassen: die Krieger (Samurai), die Bauern, die Handwerker und die Kaufleute. Die Samurai wurden aus dem Land abgezogen und in befestigten Burgstädten untergebracht, während die Bauern in Gruppen mit wechselnder Verantwortung organisiert waren und bestimmte Reismengen als eine Art Steuer an ihre Herren abliefern mussten. Diese von Ieyasu und seinen Nachfolgern eingerichtete Form des Feudalismus galt bis zum Ende der Feudalzeit in der Mitte des 19.Jahrhunderts.

Abschottung von der Außenwelt und japanischer Feudalismus
Ein weiteres Merkmal der Tokugawa-Herrschaft war die absolute Abschottung Japans von der westlichen Welt, die durch bestimmte Gesetze systematisch betrieben wurde. Portugiesische, spanische und niederländische Händler hatten Japan zwar im 16.Jahrhundert relativ häufig besucht, doch blieb ihr Einfluss lange Zeit gering. Die Tokugawa-Schogune hielten das Christentum für eine subversive Kraft. 1614 hatte Ieyasu die Konversion von Adeligen zum Christentum verboten und die Missionare des Landes verwiesen. Schon ab 1612 wurden die Christen offiziell verfolgt, und nach dem Christenaufstand von 1637 fand die Verfolgung ihren Höhepunkt. Die Spanier durften nach 1624 nicht mehr in Japan landen und eine Reihe von Edikten erging in den folgenden Jahrzehnten, die auch das Reisen von Japanern ins Ausland untersagte und selbst den Bau größerer Schiffe verbot. Lediglich einer kleinen Gruppe holländischer Kaufleute war es als einzigen Europäern erlaubt, nach wie vor im Land zu bleiben. Sie waren jedoch auf die künstliche Insel Dejima im Hafen von Nagasaki unter strengen Beschränkungen verbannt. Auch der Handel mit China dauerte weiter an, war aber ebenfalls genau reglementiert.
Während der folgenden beiden Jahrhunderte blieben die Formen des japanischen Feudalismus statisch, und es kam kaum zu inneren Veränderungen. Bushido, der Kodex der Feudalritter, wurde zum Standard für die großen Daimyos und die Klasse der Samurai, die ihren Herren als Beschützer und Verwalter dienten. Trotz der Abschirmung von außen war die Edo-Zeit eine Periode der Blütezeit von Kunst, Literatur und Wissenschaft. Die Wirtschaft florierte vor allem in den Städten und brachte der Bevölkerung Reichtum und Wohlstand. Kulturelle Aktivitäten waren hoch angesehen, Kunst, Musik und Theater gehörten zum Alltag. Das Kabuki-Theater erlebte seine Hochphase, die Malerei war maßgeblich von der durch Honami Koetsu begründeten Schule und dem Ukiyo-e-Stil geprägt. Später folgten die berühmten Bilder von Hokusai und Hiroshige, die jedoch trotz der romantischen Landschaftsdarstellungen bereits zur Zeit des Niedergangs der Edo-Zeit entstanden. In der Literatur gehörten Ihara Saikaku, Chikamatsu Monzaemon und Basho zu den wichtigsten Vertretern. Der Konfuzianismus wurde zur neuen Ideologie der Regierung. Ein Gegengewicht zu dieser Entwicklung bildete das aufkommende Interesse an den ursprünglichen japanischen Traditionen, insbesondere am Shintoismus. Diese Tendenzen verkörpert besonders die Ideologie von Motoori Norinaga, der eine neue Welle des prokaiserlichen Nationalismus auslöste.
Während des 18.Jahrhunderts deuteten neue soziale und wirtschaftliche Verhältnisse auf den Inseln bereits den unvermeidlichen Niedergang des rigiden Feudalismus an. Die Bevölkerung wuchs schnell, und die Beschränktheit der landwirtschaftlichen Ressourcen wurde immer deutlicher, weshalb teilweise Nahrungsmittelrationierungen für die bäuerliche Bevölkerung angeordnet wurden - was jedoch ab 1730 zu Aufständen führte. Verarmte Bauern flohen in die Städte, besitzlose Samurai bildeten die neue Schicht der Ronin. Der Handel und die Geldwirtschaft gewannen zunehmend an Bedeutung. Eine große, wohlhabende Schicht von Kaufleuten erlangte bald großen sozialen und indirekt auch politischen Einfluss, obwohl sie sich eigentlich am unteren Ende der formalen Tokugawa-Hierarchie befand. Im 18.Jahrhundert war Edo mit einer Million Einwohnern die größte Stadt der Welt und Zentrum einer der fortgeschrittensten und blühendsten Wirtschaften der vorindustriellen Welt.

Ende der Isolation
Japans langsam erwachendes Bewusstsein für die Außenwelt fand schon im Jahr 1720 offiziellen Ausdruck, als der Schogun Yoshimune die Ächtung europäischer Bücher und Studien aufhob. Anfang des 19.Jahrhunderts mehrten sich die Besuche von Europäern, meist Händlern oder Forschern, obwohl der Bann für die Ausländer nach wie vor in Kraft war. Ausländische Schriften und Ideen infiltrierten jedoch zunehmend das Japan der Edo-Zeit. Dazu gehörten sowohl die Verwendung des Pigments Preußischblau in der Malerei als auch das Aufkommen der perspektivischen Gestaltung im Ukiyo-e-Stil.
Die USA waren besonders an einem Freundschaftsvertrag und, wenn möglich, einem Handelsabkommen mit Japan interessiert. Der Grund für diese amerikanische Politik war einerseits die erwünschte Freilassung amerikanischer Walfänger, die auf ihren Schiffen nahe der japanischen Küste festgehalten wurden, sowie andererseits die geforderte Öffnung der japanischen Märkte. 1853 entsandte die amerikanische Regierung eine offizielle Mission zum japanischen Kaiser. Diese (zweite amerikanische) Gesandtschaft wurde von Kommodore Matthew Calbraith Perry angeführt, der in langen Verhandlungen am 31.März 1854 mit der Unterzeichnung des Vertrags von Kanagawa ein Handelsabkommen zwischen Japan und den USA erreichte. Ein weiterer Vertrag wurde unter Führung von Townsend Harris 1858 geschlossen. 1860 sandten die Japaner eine Mission in die Vereinigten Staaten, und zwei Jahre später besuchten japanische Handelsmissionen die europäischen Hauptstädte, um offizielle Handelsvereinbarungen auch mit anderen Ländern zu treffen.
Japan öffnete sich eher auf Drängen der westlichen Mächte als aus eigenem Wunsch dem Ausland. Der Abschluss der Verträge, die den westlichen Nationen beträchtliche Privilegien einschließlich der Exterritorialität zusicherten, wurde innerhalb Teilen Japans als Schwäche des Schoguns ausgelegt. Die japanischen Kriegsherren, durch altmodische Waffen benachteiligt, waren von der militärischen Ausrüstung der Ausländer beeindruckt und wagten zunächst keinen Widerspruch. Dennoch entwickelte sich sehr bald eine militante ausländerfeindliche Fraktion, die besonders in der Zeit um 1860 teilweise auch Angriffe auf ausländische Händler ausübte. Die Anführer der ausländerfeindlichen Bewegung waren junge Samurai aus Satsuma, Choshu und den anderen großen Lehnsstaaten, die immer gegen die Rolle der Tokugawa in Edo opponiert hatten und mit prokaiserlichen Ideologien sympathisierten. Ihr antiwestlicher Patriotismus unter dem Motto sonno joi („Es lebe der Kaiser, Schluss mit der Barbarei") hatte die Wiedereinsetzung des Kaisers und die Abschaffung des Schogunats zum Ziel.
Sie gewannen den Kaiser in Kyoto zur Unterstützung ihrer Ziele und organisierten militärische Angriffe und Attacken auf ausländische Schiffe in den japanischen Häfen. Die Bemühungen des Schoguns, diese Übergriffe - etwa die von Ii Naosuke angeführte Säuberungsaktion Ansei - zu stoppen, verliefen ergebnislos. Die fremdenfeindliche Bewegung war jedoch nur von kurzer Dauer. Sie endete in den Jahren 1863/64, nachdem westliche Kriegsschiffe die Städte Kagoshima bzw. Shimonoseki in einem Rückzugsgefecht bombardiert hatten.
Trotzdem hielt eine gegen den Schogun gerichtete Stimmung im Land an. Choshu wurde 1864 von prokaiserlichen Samurai regiert, und ein Vorstoß des Schoguns zur Befriedung dieser Region endete 1866 erfolglos. Sowohl das Schogunat als auch die Lehnsherren (Daimyos) importierten westliche Waffen und die zugehörige Technik und sprachen sich für neue Regierungsstrukturen aus, um der offensichtlichen imperialistischen Bedrohung begegnen zu können. Nach einem Kompromiss trat der letzte Schogun, Tokugawa Yoshinobu, Ende 1867 zurück; er sah für sich selbst jedoch in einer neuen Koalition mit den Daimyos eine hohe Position vor. Dieser letzte Versuch, das Schogunat noch zu retten, endete mit der Belagerung des Kaiserpalastes in Kyoto am 3.Januar 1868 durch prokaiserliche Radikale. Sie riefen die absolute Monarchie aus, und der Schogun trat offiziell zurück.


Die Meiji-Ära (1868-1912)
Die Streitkräfte aus den Lehnsgebieten Satsuma, Choshu und Tosa bildeten nun die kaiserliche Armee und zogen 1868 gegen die Anhänger Tokugawas in den Krieg. Die meisten anderen Lehnsherren hielten sich aus dem Konflikt heraus und warteten den Ausgang ab. Dieser so genannte Boshin-Krieg endete schon nach kurzer Zeit mit der Kapitulation der Schogunats-Armee in Edo. Der junge Kaiser Mutsuhito stellte seine Regierungszeit unter das Motto Meiji („erleuchtete Regierung") und wählte die Bezeichnung Meiji-Tenno als Kaisertitel. Tatsächlich fungierte er eher als eine Art Legitimation für die weit reichenden Veränderungen in Japan, die wesentlich von Okubo Toshimichi, Saigo Takamori, Kido Takayoshi und den anderen Samurai aus Choshu und Satsuma durchgeführt wurden, die die meisten Ministerposten am Hof bekleideten. Diese Veränderungen tragen die Bezeichnung Meijireformen. Sie bildeten die Grundlage für einen modernen, japanischen Staat. Die kaiserliche Hauptstadt wurde nach Edo verlegt und in Tokyo („Hauptstadt des Ostens") umbenannt. 1869 übergaben die Führer der mächtigen Provinzen Choshu, Hizen, Satsuma und Tosa ihre Besitzungen an den Kaiser. Nachdem andere Adelsfamilien diesem Beispiel gefolgt waren, erging im Jahr 1871 ein kaiserliches Dekret, das alle Lehnsgüter abschaffte und stattdessen zentral verwaltete Präfekturen einsetzte sowie die alten Daimyos zu Gouverneuren ernannte.
Unter der Herrschaft der Meiji blieb Japan vom europäischen Imperialismus verschont, der zu dieser Zeit andere asiatische Länder beherrschte, und verzichtete selbst auf kolonialistische Bestrebungen. Die Japaner kopierten westliche Staatssysteme relativ detailgetreu; ihr Ziel war es, Japan zu einer Weltmacht zu machen. Es galt der Kernsatz fukoku kyohei („Das Land bereichern und die Armee stärken"). Französische Offiziere wurden eingestellt, um die Armee neu zu organisieren, britische Seeleute strukturierten die Marine um, und niederländische Ingenieure überwachten die neuen Anlagen auf den Inseln. Die Japaner wurden ins Ausland geschickt, um fremde Regierungssysteme zu analysieren und deren positive Errungenschaften in Japan einzuführen. Ein neues Strafgesetz wurde in Anlehnung an das französische erlassen. Ein Erziehungsministerium wurde 1871 eingerichtet, um ein allgemeines Erziehungssystem zu etablieren, das auf dem Vorbild der Vereinigten Staaten basierte, auch wenn dieses der Vermittlung einer nationalistischen prokaiserlichen Ideologie dienen sollte, die sich aus dem Shintoismus ableitete. Die rasante Industrialisierung fand unter der Kontrolle der Regierung statt. Die allgemeine Wehrpflicht wurde 1872 eingeführt, und vier Jahre später erfolgte kraft eines kaiserlichen Dekrets die Abschaffung der Samurai. Dies führte beim Satsuma-Aufstand von 1877 zu einer tragischen Konfrontation zwischen den Wehrpflichtigen und den Samurai und endete mit dem Rebellentod des Samurai Saigo Takamori. Weitere Neuerungen waren die Schaffung eines modernen Postwesens, die Einführung des gregorianischen Kalenders (1873) und der Bau der ersten Eisenbahn.
Die Änderungen im politischen System Japans wurden von oben durch die Oligarchie der Choshu und Satsuma auferlegt und waren nicht das Ergebnis politischer Forderungen aus dem Volk. Die Bauern trugen nach wie vor die größte Steuerlast, und die Reisaufstände dauerten bis in das 20.Jahrhundert hinein an. Dennoch stärkte die konstitutionelle Regierung das Land und verbesserte Japans Position in der Welt. 1881 kam der Vorschlag auf, ein nationales Parlament einzurichten, der vom Kaiser als formales Versprechen aufgenommen wurde. 1884 wurde ein Vorläufer des heutigen Oberhauses mit einer Adelsriege aus fünf verschiedenen Rängen eingerichtet. Nach deutschem Vorbild wurde 1885 ein Kabinett erstellt, dessen erster Ministerpräsident Ito Hirobumi war. Der Geheime Rat entstand 1888. Beide Gremien waren dem Kaiser gegenüber rechenschaftspflichtig. Die neue Verfassung, von Marquis Ito im Wesentlichen nach dem Vorbild Preußens ausgearbeitet, wurde 1889 erlassen. Das Zweikammerparlament sollte aus einem Oberhaus mit 363Mitgliedern und einem Unterhaus mit 463Mitgliedern bestehen, welche von jenen Bürgern gewählt werden durften, deren jährliche Steuerzahlungen 15Yen überstiegen. Die Macht des Kaisers wurde sorgsam bewahrt. Er durfte Gesetze per Dekret erlassen und war der Einzige, der Kriegserklärungen erlassen oder die Einstellung von Kriegshandlungen befehlen konnte. Darüber hinaus konnte das Unterhaus durch kaiserlichen Erlass aufgelöst und das Oberhaus vertagt werden. Die Verfassung bot größere Freiheit als das Tokugawa-System und sicherte erstmals das Privateigentum. Auch für politisch Andersdenkende gab es einen größeren Spielraum, aber die Grenzen der Exekutivgewalten blieben unklar. Spätere Verfassungsänderungen lösten die Ministerposten für Armee und Marine auf und richteten stattdessen die Positionen für Ministerialbeamte ein. Das Militär behielt für die Kabinettsbildung ein Vetorecht und blieb als einflussreiche politische Macht im Hintergrund.
In der Außenpolitik verfolgte Japan expansionistische Ziele. 1879 besetzte es die Ryukyu-Inseln, die seit 1609 unter japanischem Protektorat standen, und unterstellte diese der Präfektur von Okinawa. Der Kampf um die Kontrolle in Korea war der nächste Expansionsschritt; dieser führte zum Konflikt mit China und in der Folge zum Chinesisch-Japanischen Krieg (1894/95), in dem die modernisierten japanischen Streitkräfte die chinesische Armee und Marine nach kurzer Zeit besiegten. Im Frieden von Shimonoseki, der im April 1895 geschlossen wurde, trat China die Insel Taiwan (Formosa) und die Pescadores-Inseln an Japan ab und entrichtete umfangreiche Kompensationszahlungen. Der Vertrag sah ursprünglich auch die Übergabe der Liaodong-Halbinsel (südliche Mandschurei) an Japan vor, aber auf Intervention Russlands, Frankreichs und Deutschlands musste Japan stattdessen weitere Ausgleichszahlungen akzeptieren.
Der rasche und überlegene Sieg in Korea verdeutlichte der restlichen Welt die Existenz einer neuen militärischen Macht in Ostasien. Im Vorfeld zu den Verhandlungen über eine volle Gleichberechtigung mit den anderen Großmächten hatte Japan 1890 seine Gesetze zum Strafrecht, zum bürgerlichen Recht und zum Handel vollständig überarbeitet und nach westlichen Modellen ausgerichtet. Auf diese Weise konnte das Kaiserreich die Zurücknahme der Exterritorial-Klauseln aus den Verträgen mit Japan fordern, was bis 1899 von allen Großmächten akzeptiert wurde. 1894 öffnete sich Japan dem freien Handel mit den Vereinigten Staaten und Großbritannien.